组建“上海医学科学研究院”是为了有效地整合本市医学科研资源，发挥集成优势，联合科研攻关，创建一个高效的科技转化新平台，使基础研究、临床研究能更好地向科技成果转化，整体提升本市基础医学研究及应用基础医学研究的水平，提高医学自主创新能力。上海医学科学研究院将以严重危害人类健康的多发病、慢性病及疑难病为目标开展致病机制、诊断、治疗和预防等方面的研发，不断探索整合的体制和机制，提高解决重大疾病和疑难疾病的科研能力。