区别在于前者享受工人待遇，后者享受干部待遇。以工代干是因工作的需要而有单位临时设定的干部岗位，时间的长短跟这项工作有关，也无需由上级部门批准。

聘任制干部是由主管部门根据需要聘任的干部，并有聘任书和聘任年限，聘任期间享受有关干部待遇，聘任期满，要进行续聘。