荧光定量PCR法检测的是SYBR Green掺入到双链DNA中的量。SYBR Green掺入到双链DNA中后会发出荧光。但是只要是双链，它都掺。

而探针法是当探针结合到目标序列上以后，聚合酶降解探针后，探针上自带的荧光基团离开淬灭基团，从而发出荧光。

从两者的原理上来看，不难判断，荧光PCR法更加简单方便，而且成本低。而探针法特异性更强。所选序列应该高度特异。应该选择具有最小二级结构的扩增子。这是很重要的，因为二级结构会影响反应效率。在任何实时应用中期望获得100%的扩增反应效率，这意味着每次循环中，体系内的扩增子都有两倍的增加。