基本交叉设计中，每个受试者先后接受研究中要比较的各个疗法。

受试者在不同治疗阶段均要保持病情稳定（通常是可以逆转、病情稳定而且需要维持治疗的慢性疾病，因此研究的疾病谱较窄）并且每个治疗阶段开始时保持一种相似的基线状态。可分为无间歇基线和间歇基线，间歇基线又称为排除期或者清洗期，一般来说，清洗期不短于研究药物的5个半衰期。统计分析时，先确定没有延续效应如有，只能比较第一疗程的结果。优点：可作自身对照，排除因个体差异而影响结果的可靠性。所需样本量少。缺点：受试者参与时间却相应倍增，因为影响依从性，失访、早期退出的可能性极大。