灌云站是连淮扬镇铁路的一个中间站。设计规模为两站台四车道连淮扬镇铁路全线共设董集站（接轨站）、灌云站、灌南站、涟水站、淮安东站、宝应站、高邮北站、高邮高铁站、邵伯站（线路所）、扬州高铁站、江都站（接轨站）、泰安站（接轨站）、镇江大港站、横山站（技术站）、丹徒站（为接轨站）和镇江站（为接轨站）16个车站，其中新建9座车站、新设2座线路所、设立5座接轨站。预计2020年8月通车