通常共价键的方向性是比较严格的（稍许偏离一点将引起能量的大幅升高而不稳定，只有在外部足够的影响下才会发生）。

而氢键的方向性就不太严格，温度不是很低时，热运动就会显著影响其方向性，而使三个成氢键的原子可以明显偏离直线。

同时氢键的饱和性也不严格，为了使系统能量降低，在可能的情况下，分子间将形成尽可能多的氢键。

这也会导致三个成氢键的原子不在一条直线上，在复杂分子中，这种情况是普遍的。真正（近似）在一条直线上的只是少数简单分子。