北京海淀医院的全名是北京大学第三医院海淀院区。前身是中共中央华北局党校卫生科，1951年2月，更名中共中央华北局党校附属医院。
1953年1月24日，移交中央人民政府卫生部，更名中央直属第七医院。
1955年2月，医院由西苑迁至海淀镇黄庄。
1956年9月1日，移交北京市公共卫生局，更名北京市海淀医院。
2013年12月29日，北京市海淀区人民政府公共服务委员会、北京大学第三医院、北京市海淀医院正式签署“深度合作、融合发展”合作协议，实施改革成立了海淀医院理事会、海淀医院监事会、海淀医院院务会，“北京市海淀医院(北京大学第三医院海淀院区)”正式挂牌
