准噶尔汗国是卫特拉蒙古其中的一支。自从元朝灭亡之后，以元顺帝为首的蒙古贵族被迫退出中原，原来散居中原的蒙古族也大量迁回了草原，留下内地的蒙古族后来也大多数融入了汉族或者回族当中。

元顺帝退居草原后，继续沿用“大元”名号，历史上称为“北元”政权。明朝建立后，对北元进行了多次远征打击，加上北元内部斗争，北元逐渐失去对明朝的抗衡。

后来，更严重的情况出现，蒙古各部贵族开始互相割据一方，相互争夺北元的领导权，北元的蒙古大汗开始逐渐沦为名存实亡的小朝廷，蒙古各部互相斗争，蒙古大汗最终成为蒙古各部贵族“挟天子以令诸侯”的斗争工具。