东航云南公司全称：中国东方航空云南有限公司。值得注意的是东航云南公司不是分公司，而是东航旗下独立运营的航空公司，地位比分公司高上很多。其前身为成立于1992年7月的中国云南航空公司。2002年，按照国家航空企业改革重组战略的要求，原云南航空公司与中国东方航空联合重组，成为其下属的航空运输企业。

2005年6月，实施主辅业剥离，主业资产全部注入东航股份公司，同时更名为中国东方航空云南有限公司（为东航旗下的子公司）。