万里长江的入海口，处在上海市与江苏省南通市之间。入海口南侧是上海市浦东新区，入海口北侧是江苏省南通市的启东市，由长江水冲击而成的上海市的崇明县位于长江入海口，长江主航道位于崇明岛南侧。所以长江入海口由上述地区共同管辖。