一、职能不同：锦衣卫掌管刑狱，被赋予巡察缉捕之权，从事侦察、逮捕、审问活动。东厂主要职能是刑狱审讯、社会监视，可随意监督缉拿臣民。

二、设立时间不同：锦衣卫设立于公元1382年，东厂设立于1420年。

三、权力不同：东厂本与锦衣卫平级，后期发展成上下级。

四、组成人员不同：锦衣卫的首领一般由皇帝的亲信武将担任，属于外臣。而东厂的首领是宦官，属于内臣。