牡丹的品种约有一千多种。

比较常见的有紫斑牡丹、矮牡丹、首案红、玉楼点翠、紫二乔、姚黄、赵粉、脂红、守重红、海云紫、美人红等。其中矮牡丹是毛茛科、芍药属牡丹的变种，它的自然繁殖能力不强，属于兼性营养繁殖类型，主要依靠根状茎和根出条繁殖，是中国特有的珍稀野生植物资源，具有重要的药用和观赏价值。