在广州市广疾病预防控制中心办理。因为广州市疾病预防控制中心是预防和控制传染性疾病的主管部门，居民要证明自己有没有传染性疾病，要携带相关的证件，各种要求由医院检查核实的单张及检验报告等，广州疾控中心才会根据审核结果开县健康证。