1、位置不同，杭州站是位于杭州市的上城区境内，是属于上海铁路集团所管辖的一座一等客运站点。杭州东站是位于杭州市的江干区，是位于江干区的全福桥路2号。

2、两座车站的性质也是不一样的，杭州东站属于高铁站点，也是属于一个中转的站点，而杭州站则是属于客货站点，也是普铁站点。

3、成立的时间不同，杭州站成立于1906年，也就是清朝光绪的32年，最初是叫清泰门站点，后来又改建成为杭州站，是杭州地区最早的一座火车站，先后杭州站经历过三次重建和迁址。杭州东站建造的比较晚，最初是建造于1992年，后来又经过了扩建和改建，到2014年，正式建成了现在的规模。