区别是南为方向，楠是植物名称。

“楠”，读音为nán，在六书中属于形声字。“楠”的基本含义为楠木，常绿大乔木，木材坚固，是贵重的建筑材料，又可做船只、器物等、简称“楠”，如“楠叶油”。

“南”，读音为nā，nán，在六书中属于象形字。“南”的基本含义为方向，早晨面对太阳，右手的一边，与“北”相对，如南北、南方引申含义为姓。在现代汉语中，“南”还有向南的含义，如南奔。