看不出你的图层情况，但是不管SAI还是PS，有线稿的话一般是把线稿放在最上层并且稍微调低一些透明度，上色的图层搁在底下，这样不管怎么涂颜色，线稿都不会被影响。你提到的“是把上色层正片叠底的意思么”，一般来说正常上色是不需要的，只有特殊情况才有可能需要“正片叠底”，比如有的人画阴影。