一、指代不同
1、根本原因：事物的根源或最重要的部分。
2、本质原因：有关事物中最重要的起决定作用的。
二、引证不同
1、根本原因：鲁迅《南腔北调集》：“事物发展的根本原因，不是在事物的外部而是在事物的内部，在于事物内部的矛盾性。”
2、本质原因：蔡元培《对于学生的希望》：“一个王朝之所以覆灭衰败的结果，绝非单独事件所造成的，不过历史学者和史评家们常常挑出某些特定的事件，认为它们是导致旧朝代灭亡的主要原因。”
三、侧重点不同
1、根本原因：基础或本质比喻事物的本源、根基。
2、本质原因：对事物最紧要的部分，在一段时间内，对事物起决定性作用门闩或功能类似门闩的东西。
