质谱仪最重要的应用是分离同位素并测定它们的原子质量及相对丰度。 测定原子质量的精度超过化学测量方法，大约2/3以上的原子的精确质量是用质谱方法测定的。 由于质量和能量的当量关系，由此可得到有关核结构与核结合能的知识。

对于可通过矿石中提取的放射性衰变产物元素的分析测量，可确定矿石的地质年代。