秦岭的隆起地形还表现在对降水的影响上，往往使得湿润气团的水分在山地的迎风坡大量成为降水，背风坡却变得异常干燥，由于受夏季风的影响，秦岭有阻挡南来水汽的作用，湿润的海洋气团不能深入西北腹地，造成其南北降水量显著不同，全区降水量在700～1 000 mm，一般是南多北少，山地多，谷、盆地少。在秦岭西部甘肃境内和甘陕毗邻地区，年降水量最少，如武都仅478. 3 mm，风县644. 7 mm。向东，秦岭主脊南侧山坡上部年降水量较多，如留坝、佛坪分别为910. 3 mm、938. 5 mm。再向东的丹江流域，年降水量明显减少，约750 mm左右，如商州为754 mm。在秦岭山地，全年降水量还有分配不均的现象，据统计，一般夏季降水量约占全年的40%～50%，冬季降水量仅占1%～3%，春季，占20%～25 %，秋季，占25%～30%。因此，具有夏雨冬干、秋湿春旱的特点。此外，秦岭山地的降水量随海拔高度变化具有一定的规律，在海拔2 000 m以下，夏季都是南坡比北坡降水多（大约多110 mm），冬季却相反，北坡多于南坡，但相差一般不足10 mm。由于秦岭山地降水主要集中在夏季和初秋，故年降水量是南坡比北坡多，在海拔1，000m以下可多100～200 mm，海拔在1，000～2，000 m可多50～100 m，在海拔2，000 m以上，虽无观测记录，但从计算而得到的降水随高度变化曲线趋势来推测，也仍是秦岭山地的南坡比北坡多。另据中、小尺度地形对降水量分布影响的研究结果，秦岭东段山前年降水量的最大值和山后年降水量的最小值之间相差的倍数约为1倍，与山体高度（2，000 m），基木上呈一线性关系。原因是秦岭山脉走向与盛行风交角有关，山前、山后雨量相差显著。同时秦岭山脉冬季和夏季的降水分布特征也表明，由于冬、夏盛行风向相反，秦岭在夏季南坡降水大于北坡，冬季却恰好相反。