染色是为了增大对比度，好看清结构。

不同结构与染料结合程度不同，有时用一些染料是为了看见某一特殊的结构或物质，如用甲基绿-吡罗红显示DNA和RNA。有时是为了区分不同的细胞，如固绿-番红复染或者碱性品红-苏木精复染，可区分出纤维素与木质素细胞壁。