玛瑙的自然色常见的有如下几种颜色：
（1）红玛瑙：含有微量元素铁(Fe)呈现红色。红是玛瑙的一种主色，一般玛瑙呈褐红色、酱红色、黄红色。
（2）蓝玛瑙：含有钛铁等微量元素而显蓝色。以淡蓝色为主，色较深时透明度较差，有时在蓝色玛瑙中分布一些其他色彩鲜艳的纹带。
（3）绿玛瑙：含有镁，铝，铁微量元素呈现绿色。天然产出的绿玛瑙少见，优质者更为罕见，价格也相对提高。
（4）紫玛瑙：含有 Fe 、 Al 、 Ti 、 Mn 、 V 等元素结晶状态：隐晶质集合体，呈致密块状，也可呈球粒状。紫色玛瑙较为少见，紫色有深有浅。
（5）黑玛瑙：原生黑玛瑙的主要化学成分是二氧化硅，其次是少量的氧化铁和微量的铜、锰、镁、铝等元素及化合物。以黑色为主，微带青色或灰色，多数为半透明状。
（6）白玛瑙：呈乳白色或浅灰色，常与无色透明状玛瑙构成同心纹状、条带状。中间常有石英夹层。
（7）灰玛瑙：灰玛瑙中含有铁、锌、镍、铬、钴、锰等多种微量元素。为深灰色、浅灰色或青色，有的具有不明显的同心条带，内部常有石英夹层或砂心。
（8）黄玛瑙：主要成分为方解石晶体，因含有金属铬而呈黄色。通常为淡黄色、橘黄色、褐黄色及浅黄色，有时与粉红、淡红、淡灰色玛瑙夹层构成美丽的纹带。
