养殖小矮马需要办理动物防疫条件合格证。

办理流程：

1、提交相关材料（主要包括设施设备清单、管理制度文本、动物防疫条件审查申请表、场所地理位置图、各功能区布局平面图、人员情况）至当地兽医管理部门，提出申请。

2、进行初审，如果材料不全或者是不符合规定条件，应当在接收到材料后的5个工作日内，通知申请人。

3、在接收到材料后的20个工作日内完成材料和现场审查。如果合格，颁发动物防疫条件合格证。如果不合格，通知申请人。