深莞惠城际铁路实行的是采取公交化开行与运营的模式。按随时买票随走，系统显示只售无座票所以车票上没有座位号随便坐，不需要对号入座。

深莞惠城际铁路与其它城际铁路运营方式所不同。极大的改善了方便了当地的出行要求，加强了三地的的联系。