2005年3月18日邕宁县撤县设区，邕宁区正式成立。新成立的邕宁区辖原邕宁县的蒲庙镇（不含莫村）、新江镇、那楼镇、镇龙乡（2005年7月撤消镇龙乡，整体并入那楼镇）、百济乡、中和乡。

原邕宁县的四塘镇、五塘镇、昆仑镇划归南宁市兴宁区管辖刘圩镇、南阳镇、长塘镇、伶俐镇、仙葫开发区、蒲庙镇的莫村村委会划归青秀区管辖延安镇、苏圩镇、吴圩镇划归江南区管辖那陈镇、大塘镇、南晓镇、那马镇、良庆镇、大沙田开发区、沿海经济走廊开发区划归新成立的良庆区管辖。