倚天屠龙记时期全真教没有被灭。全真教是小说射雕英雄传中的教派。在射雕英雄传中，全真教是由王重阳建立的，神雕侠侣中全真教是当时武林中的大教，曾经受过蒙古大汗的册封，虽然元朝灭掉南宋后，全真教会受到元朝的打压，但是它没有被灭，只不过实力不如从前。