保密级别不同。

秘密文件是经过保密机关审核定密的文件，归保密法等法律调整管理，擅自公开造成泄密会引起严重的法律后果，严重的会担负刑事责任。

不予公开文件只是文中含有敏感内容，不适合对广大群众公开。但是还未到保密级别，一旦公开，引起的后果没有秘密文件严重。