首先，从载体的物质形态来说，文献先是用甲骨、金石、简牍、缣帛，后是用纸，而古籍的载体无甲骨，金石中亦惟有石刻经籍与佛道经卷，数量极有限，即令今天陆续有简牍、缣帛形态的古籍出土，毕竟爲数不多，古籍的绝大部分还是用纸保存下来的。

其次，再从内容性质来说，甲骨卜辞、铜器铭文、石刻碑文等，都是重要的历史文献，但它们与册籍性质的古籍截然不同他如多以单篇形式出现的信札、契约或成册的户籍等种种文献也不属于古籍的性质。

第三：如果考察二者的研究范围，则文献学属于广义的史学，可以无所不包，故梁启超说：“明清之交，各大师大率都重视史学———或广义的史学，即文献学。”而古籍整理学则主要研究目録、版本、校勘是一种比较专门的学问。