从地下大洞窟可以进入空洞，标有问号标记的房间，从百代市宝可梦中心右侧民居中与NPC对话获得探险套装，然后即可从任意地点进入地下大洞窟。

根据所在地点不同，可探索的地下大洞窟的区域也不同。从地下大洞窟面向墙壁使用挖洞钻还可以建立秘密基地，通过在秘密基地中放置石像可以提升特定宝可梦的出现概率。

在空洞中可以捕捉野生宝可梦。空洞里会出现钻珍里没有出现的例如黑鲁加和呆火驼等四世代之前的宝可梦。