原理是一个利用单个DNA分子基因组限制性内切酶图谱快速生成高分辨率、有序的全基因组限制性内切酶图谱的方法。

现在最普遍是bioNano系统,该系统利用内切酶对DNA进行识别酶切并标记荧光,再利用极细的毛细管电泳来把DNA分子拉直,进行超长单分子高分辨率荧光成像,通过酶切位点进行拼接即生成了一幅酶切位点分布图