1、商家不同

京东自营可以理解为消费者是跟京东在做买卖，采用B2C的销售模式，即商家直接到客户的模式，采购产品的发票是由京东公司开具直营店，是京东提供平台给厂商，厂商与消费者通过京东提供的平台进行交易，商家给消费者开具的发票就不是京东的了另外，商家还需要给京东缴纳一定的平台使用费。

2、物流和发货不同

京东自营是由京东仓库发货（京东目前在全国有八个京东仓库）。简单理解就是京东用批发价向商家拿货，先放到京东仓库中，然后在平台进行销售。客户下单后，由距离客户最近的仓库发货。直营商家则是由第三方卖家发货，客户下单后，商家自己发货，与淘宝类似当然直营也可以选择京东物流，但是发货就不是通过京东仓库来了。