东非大部分地区为热带草原气候，部分热带沙漠气候和高山气候。

东非高原为热带草原气候，本区虽然赤道穿过，但海拔高，气温低，对流弱，降水较少，没有形成热带雨林的条件。所以东非热带草原南北半球连为一体。东非裂谷带周边高山气候，垂直地域分异明显。在索马里半岛沿岸，受干燥的信风、西南季风和夏季索马里寒流影响，形成热带沙漠气候。