药物流产最好的时间是在怀孕以后49天以内，如果确诊是宫内孕，只要不超过49天都是可以做药物流产的，但是药物流产会有一定的副作用，可能会出现出血增多或者增加感染的几率，所以一定要在医生的指导下用药，而且用药之后要注意做好复查。