下属基层单位14个：分别是：南通市公路处、南通市航道管理处、南通市运输管理处、南通市地方海事局、南通市交通工程质量监督处、南通市交通工程建设管理处、南通交通建设投资公司、南通市汽车综合性能检测中心、南通市交通会计服务中心、南通市交通信息中心、南通汽运实业集团有限公司、南通市公共交通总公司、南通出租汽车有限公司、南通市交通综合枢纽站务有限公司。