肛周囊肿的治疗办法是进行手术治疗，可以在局部麻醉下将病变切除，手术中应该选择肛周放射状切口，防止术后形成瘢痕。术中要仔细地分离病变以及包膜，避免出现残留，切口后进行结节缝合。