iPhone SE配置64位A9处理器，以及M9芯片，在处理器（CPU）性能上相比iPhone 5s快了两倍，而且在图像处理（GPU）功能上也要比iPhone 5s快三倍。使用无线网络速度最高可提升三倍，使用4G LTE时最高可增速近50%之多。内置2GB运行内存，前置摄像头120万像素，后置摄像头1200万像素，支持Live Photos、VoLTE、4K视频录制等功能。