一、地方行政管理层次的调整
为了稳定政权，加强对地方的管理，魏晋南北朝时期各政权在不改变原有旧行政体制基本框架的基础上，对地方行政体制进行了一些调整，主要表现为以下两个方面:
一是在州上设官。
一是强化县级行政管理。
二、军政一体的地方行政管理体制
魏晋南北朝时期大部分时间处于战争状态，军事自然成为地方政务中的重要内容，这使这一时期的地方行政管理中呈现出军政合一的特点。
三、特殊行政区的行政体制
魏晋南北朝时期的特殊行政区主要有以下三种:
王国。西晋规定:王国主要官吏中尉、内史等由中央直接委派，诸王只有封地的行政权，仅能分润租调。
侨州郡县。东晋政府为维护统治秩序和保护南迁士族的政治、经济利益，便在流人集中之地按他们原籍的名称侨置州、郡、县。这样，一方面照顾了世家大族的利益，为他们做官增加了位置，也使其控制大量依附人口成为合法另一方面也起到了稳定统治秩序的作用。但侨州郡县与原州郡县并置一处，造成地方行政管理上的混乱。
左郡县。是南方各政权在蛮族地区建立的一种带有很大程度内部自治性质的地方行政体制。
四、基层行政组织
魏晋南北朝基本因循两汉时期的乡、里、亭体系，以建立乡间组织。但由于这一时期世家大族势力膨胀，国家所直接控制的民政户数越来越少，故乡里制度的作用不大，其重要性反而不如世家大族的庄园制。
孝文帝改革后，以三长制为地方基础行政组织，规定五家立一邻长，五邻立一里长，五里立一党长，三长负责核查户口，征收赋役，并办理一般民事诉讼。
