它们的主要区别在于，农业农村局是政府机构，隶属于县，市政府，农委是党的工作机构，隶属于县.市委。农业农村局主要負责农业工作和部分农村工作，农委主要负责协调农业农村局，水利局，林业局，渔业局，畜牧局，农机局，等涉农单位的工作，促进各项工作的发展。