成吉思汗对儿子们实施分封制，把打下的土地分成好几块，让他的四个儿子各得一块。这样，就算最开始的时候没有分裂，往后一发展，分裂是必然的。二是成吉思汗把汗位给了第三个儿子窝阔台，同时又把军队给了四儿子拖雷，这种不合理的安排，最终造成汗位从窝阔台后人，转移给了拖雷的后人。

不过，总体来说，成吉思汗时期，蒙古帝国还保持着完整，并没有分裂。唯一不和谐的情况，是长子术赤后来不愿意参加成吉思汗攻打西夏、金国的战争，这已经有了隐患。

蒙古帝国第二次为分裂埋下祸根，是在蒙哥汗时期。