中国三大博物馆之一，前北大校长蔡元培创建，镇馆之宝琉璃拱门。

这是一套现藏于南京博物院的大报恩寺塔琉璃拱门，太珍贵了，所以放进博物馆，还有玻璃罩保护。这是大报恩寺琉璃塔的“备用拱门”，是在大报恩寺遗址发掘出来的。“备用”很好理解，就是同样的东西多做几套留着以备不时之需。据史料记载，南京大报恩寺的琉璃塔构建共烧制了三套，一套建塔，另外两套埋在塔周围的地下，供以后维修琉璃塔时使用，这座琉璃拱门就是其中的一部分。