南普陀寺始建于唐末五代，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元朝废了。明朝初重新建设，改名为普照寺。明末诗僧觉光和尚迁建于山前，殿堂院舍齐备，住僧常达百余众，清初又废于兵祸。清康熙二十三年（ 1684 年），靖海候施琅收复台湾后驻镇厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁奉观音菩萨，并以之与浙江普陀山观音道场相类比且在浙江普陀山的南面，更名为南普陀寺。