《中日通商行船条约》是《马关条约》的延续。多年来日本统治者企图在中国得到的各种特权，至此全部实现。

《马关条约》第六条规定：中日两国所有约章已因甲午战争而废绝，双方应派代表商订通商行船条约新订约章应以中国与欧美各国现行约章为本。据此，1895年12月日本代表驻华公使林董与中国代表（初为李鸿章，后改为张荫桓）开始谈判。日方提出约稿条款，双方根本上一致。所以历时半年的谈判虽有不少争辩，最后还是在日方约稿的范围内定议。1896年（光绪二十二年）7月21日张荫桓与林董签订《通商行船条约》。