在日本最受欢迎的理论认为，在公元前2万年以前，远古冰河期人类占领了日本，并渐渐演化成了日本人。

另一种在日本流传甚广的理论认为，日本人是公元4世纪穿越朝鲜征服日本的中亚游牧骑手的后代，但又绝非朝鲜人。

而受到众多西方考古学家和朝鲜人追捧，却在日本的某些圈子里不受待见的一种理论认为，日本人是公元前400年左右，带着稻米技术从朝鲜过来的移民后代。最后一种理论认为，在另三种理论中提及的民族在融合中产生了现代日本民族。