显示一层，导出一个PDF，再显示另外一层，再导出第二个PDF，循环……，直至导出所有需要的PDF，再用Acorbat软件合并PDF为一个文件。

还有一个方法就是用AI cs4，把不同层的文件放在多页上，这样导出的PDF也有多页。 补充：除此之外，别无他法，是有点繁，请花点耐心慢慢做吧。