1937年12月13日，侵华日军攻占南京城，进行了惨无人道的大屠杀。为了保护难民和中国军人的生命安全，以寂然法师（新华饰）为首的栖霞寺僧人自发组织起来，创办佛教难民收容所，先后援助和安置难民24000多人。在与日军的抗争中，许多僧人惨死在日军的枪口下。

寂然法师等人不畏牺牲，一边援助伤病难民，一边设法保护抗日军人，掩护他们安全过江，又冒着生命危险把记录着日军南京大屠杀罪证的胶片送出南京。

在与日军抗争的过程中，手无寸铁的中国僧人们面对死亡毫不畏惧，以普渡众生、慈悲为怀的佛教教义为武器，展开面对面的斗争，书写公开信揭露日军暴行，与凶残的日军进行了一场人性与兽性的较量。最终正义战胜邪恶，保全了千年古寺，保护了24000多名难民的安全。