印度尼西亚与马来西亚是邻国，两国都是以马来人为主体民族的东南亚国家，同时两国都是穆斯林国家。按理说民族相同、文化又极其相近的两国为邻，国家关系应该非常融洽才对，然而事实并非如此。

1、印尼与马来西亚曾经在争夺东盟领导权上的矛盾。

2、印尼与马来西亚在岛屿归属、领海划界上的争端矛盾。

3、印尼与马来西亚在经济上的矛盾。