内蒙古佛教最兴盛时期，是在清朝康熙、雍正、乾隆、嘉庆年间，当时内蒙古的寺庙和喇嘛人数发展到了最高峰，寺庙约有1800多座喇嘛人数约有15万人左右。

据有关资料记载，蒙古族古代最早信仰萨满教。明末，格鲁派喇嘛教在内蒙古地区迅速发展。到了清朝，喇嘛教寺庙大约有千所，喇嘛教在民间逐渐广泛传播，从此，各地逐渐建造许多寺庙。喇嘛教的格鲁派(黄教)日益兴盛。黄教逐步取代了萨满教，群众基本上信仰喇嘛教。