农业畜牧业发展中心是近几年机构改革的产物，就是原畜牧（兽医）局。随着国家大部制改革，各级尤其市县级畜牧、农机、渔业等部门陆陆续续向农业局靠拢合并，成立农业农村局，整合大农业各部门权力和机构。

一般来说，畜牧业的行政执法职能归农业综合执法机构负责，行政管理职能有新成立的农业农村局负责，畜牧业发展中心负责畜牧兽医技术支撑和公益性岗位职责。