因为帝王组织需要利用金刚对付哥斯拉，于是设计让金刚离开骷髅岛。

自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战结束后，帝王组织已经在骷髅岛建立了观察区，大部分资料也向公众开放此时的金刚也已经长大。一家高科技公司APEX利用资料，尝试一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，APEX决定利用金刚探寻地心世界以获得更多能源。