印度尼西亚政治体制实行的是总统内阁制度。

总统是国家元首、政府行政首脑和武装部队最高统帅，直接领导内阁，有权单独颁布政令和宣布国家紧急状态法令对外宣战或媾和等。自2004年起，总统和副总统不再由人民协商会议选举产生，改由全民直选只能连选连任一次，每任五年。总统任命内阁，但需征得国会同意。