1991年2月1日，澳门特区基本法起草委员会发布通知，征集区旗区徽的设计图案。1992年9月28日，澳门特别行政区区旗、区徽评选委员会在甘肃省兰州市举行最后一次评选会议。1993年1月，基本法起草委员会第九次全体会议在北京召开，区旗、区徽设计方案获得通过，并写入基本法。

澳门区旗寓意“五星照耀下的莲花”：同蒂的三瓣白莲应和了当地古称“莲岛”，代表澳凼大桥和海水的白色波纹展现临海的地区属性，上方金黄色的五星象征中国主权深沉的绿色作底是对澳门安宁祥和的祝愿。